• 国家重点实验室：

　 河口海岸学国家重点实验室
　 精密光谱科学与技术国家重点实验室
　 浙江天童森林生态系统国家野外科学观测研究站 

• 教育部重点实验室：

　 脑功能基因组学教育部重点实验室(脑功能基因组学研究所)
　 地理信息科学教育部重点实验室
　 极化材料与器件教育部重点实验室（筹）

• 上海市重点实验室：

　 上海市脑功能基因组学重点实验室
　 上海市绿色化学与化工过程绿色化重点实验室
　 上海市城市化生态过程与生态恢复重点实验室
　 上海市功能磁共振成像重点实验室
　 上海市高可信计算重点实验室（筹）

• 野外台站与工程中心：

　 纳光电集成与先进装备教育部工程研究中心
　 上海分子治疗与新药创制工程技术研究中心（筹）
　 软硬件协同设计技术与应用教育部工程研究中心（筹）

• 教育部人文社会科学重点研究基地：

　 课程与教学研究所
　 中国现代思想文化研究所
　 俄罗斯研究中心
　 中国文字研究与应用中心
　 基础教育改革与发展研究所
　 中国现代城市研究中心