办学体系完善。学校设有9个系、部，4个二级学院，2个研究院，有中医骨伤科学、中西医结合临床2个博士学位授权点，18个硕士学位授权点；有中医学、七年制中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、临床医学、医学影像学、药学、中药学、药物制剂、制药工程、市场营销、护理学、公共事业管理、应用心理学、食品科学与工程等26个本科专业及方向。现有全日制在校生8000多人，研究生900多人。
师资力量雄厚。全校现有教职医护员工2400多人，其中具有高级职称的专业技术人员400多人；拥有一批国家级名老中医学术继承人指导老师、国家有突出贡献的中青年专家、福建省优秀专家、国务院特殊津贴专家等。2002年和2007年，学校在教育部组织的第一轮、第二轮本科教学工作水平评估中均获得“优秀”成绩。
学科体系健全。有1个国家中医药管理局重点学科，7个省局级重点学科；2个国家（局级）三级科研实验室，5个省级重点实验室。2003年以来，作为福建省八所重点建设高校之一，学校以学科建设为核心，重点建设了中医骨伤科学、中西医结合临床、中医诊断学、方剂学、中医康复学等学科，带动其它相关学科的发展，取得了显著的成绩。2008年，学校再次被列入福建省重点建设高校。